تفاوت عمده بین این 2 وجود نداره فقط زمانیکه تصویر از قبل ایجاد شده باشه از copyTo استفاده کنید .تابع clone را زمانی استفاده کنید که تصویری اشغال نشده باشه. در واقع خود تابع clone از تابع copyTo استفاده می کنه.
inline Mat Mat::clone() const
{
Mat m;
copyTo(m);
return m;
}