در ابتدا با تابع dir مجموعه filename ها رابدست بیارید سپس با imread تصاویر را بخونید و پس از انجام عملیات با imwrite تصویر را ذخیره کنید.
به صورت زیر:
fileNames = dir(fullfile(myPath, '*.tif'));
for k = 1:length(fileNames)
filename = fileNames(k).name;
img = imread(filename);
//process it
imwrite(img,filename);
end