برای حذف فایل یا فایل ها یا فلدر باید از دستور rm استفاده کنید.
مثلاً
git rm \*.log
کل فایل log را از مخزن حذف می کند.
گاهی اوقات هم باید از سوئیچ -f استفاده کنید تا حذف موارد مورد نیاز را force کنه