برای اینکار از متد at از کلاس cv::Mat را استفاده کنید به صورت زیر:
cv::Mat img;
for(int i=0;i< img.rows;i++)
for (int j=0; j < img.cols;j++)
{
img.at<cv::Vec3b>(cv::Point(j,i)).val[0] = 255;
img.at<cv::Vec3b>(cv::Point(j,i)).val[1] = 0;
img.at<cv::Vec3b>(cv::Point(j,i)).val[2] = 0;
}