باید از obsecure کننده های کد مثل proguard استفاده کنی .
میشه قسمت های مهم رو با ++C هم نوشت و به شکل فایل .so استفاده کرد .
هرچند هیچ کدوم از این دو تا هم امنیت کامل برای شما نمیارن security is not obsecrity
راهکار بهتر میتونه این باشه که قسمت های مهمتر روی سرور پیاده سازی بشن و از دسترس کاربر دور باشن