از جمله چالش هایی که در این زمینه وجود داره استفاده از لنزهای آرایشی و طبی هستش که به صورت نرم و سخت هستند لنزهای آرایشی که دارای بافت هستند و الگوی موجود در عنبیه را مخدوش می کنند و یا گاهی اوقات آرم براند هم روی لنزها دیده میشه. بعضی اوقات این لنز ها بر روی چشم فیت نمیشن و لبه های اضافی در ناحیه سفیدی چشم و یا ناحیه عنبیه بوجود میارن .برخی اوقات هم بر اثر تصادف مردمک چشم خراب میشه یعنی بافت به اطراف پخش میشه و در برخی پایگاه داده ها چشم افراد دارای غشای مادرزاد هستند که هم مکان یابی و هم عملیات مقایسه را دچار مشکل می کنه.